Факультет естествознания, туризма и аграрных технологий имеет традиционную структуру в сфере высшего образования научных исследований и является младшим факультетом Ошского государственного университета .

Согласно Постановлению Совета Народных Комиссаров Киргизской ССР от 10 августа 1939 года № 1142 был открыт Ошский педагогический институт, и в 1940 году впервые был принят набор студентов на естественно- географическую специальность. В 1944/1945 учебном году на 1-й курс было принято 59 студентов.18 июля 1951 года на основании совместного постановления ЦК Киргизской ССР и Совета Министров Киргизской ССР был создан Ошский государственный институт и открыт факультет естествознания и географии. В 1952-1953 учебном году факультете естественных наук ввели свою деятельность кафедры ботаники, зоологии, химии и физического воспитания. В 1954-1955гг. факультет естественных наук называется биологическим факультетом.

В 1960 году он был преобразован в факультет естественных наук и географии в связи с тем, что началась подготовка новых специалистов по географии. В целях расширения материально-технической и образовательной базы на левом берегу реки Ак-Буура была создана Агро биостанция, где были открыты лаборатории по предметам ботаники ,зоологии и основам земледелия, а также проведены опыты по направления научных исследований .

В 1966-1973 годах вновь был создан факультет естественных наук и географии. Он назывался биологическим факультетом.

В 1985году на базе кафедры зоологии вновь открылся географический факультет.

В 1988 году факультет переехал в новое здание, в котором он находится сейчас, а его материально- техническая база была поднята но новый уровень.

В 1992 году был открыт факультет сельского хозяйства и впервые организована подготовка кадров по специальностям зоотехники и агрономии.1996- открыты специальности агроэкология и агроэкономика.

В 2001 году открыта специальность «Прикладная геодезия». .

В 2012 году с связи переходом высшего образования Кыргызстана на двухуровневую систему образования на факультете началась работа по подготовке к бакалавриату и магистратуре. В этом же году произошел прием на степень бакалавра по специальности "туризм".

В 2014 году организован прием в магистратуру по естественнонаучному образованию ( биология,химия,география)и туризму.

В 2018 году на факультете вновь открыта специальность «Ветеринария". В том же году началось среднее специальное образование по туризму, ветеринарной медицине и геодезии(в2020 году оно было выделено в отдельный колледж).

В 2020 году началась подготовка бакалавров по направлению агрономия.

На основании решения Ученого совета ОшМУ от 28 января 2022 года(протокол №4) и приказа ректора от 3 марта 2022 года(№315-ФХД/22)факультет естественных наук, туризма и аграрных технологий.

В истории развития факультета в связи с потребностями времени и увеличением количества студентов существовали структурные подразделения: В 1990-1992годах-географический факультет,В2002-2009 годах- факультет географии и природопользования,в2005-2008 годах химический и фармацевтический факультеты работали самостоятельно.

С 19 января 2019 года факультет возглавил профессор Низамиев.А.Г.